LAMMPS 安装

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安装LAMMPS - lammps-tutorial

GitHub - njzjz/lammps-wheel: LAMMPS unofficial Python wheels on PyPi, `pip install lammps`

Lammps installation - Jia-Xin Zhu

Linux系统源码编译安装LAMMPS - 我是谁

用 Intel® 加速 LAMMPS - Jinzhe Zeng’s Blog

[Linux 软件安装⑥

LAMMPS - Jinzhe Zeng’s Blog](https://njzjz.win/2018/06/16/installlammps/)

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cmake 编译

适用于较新版本的 LAMMPS

most.cmake 安装的 package 数目：64 all_on.cmake 安装的 package 数目：92 oneapi.cmake 和 intel.cmake 不会安装 package

wget https://download.lammps.org/tars/lammps-2Aug2023.tar.gz
tar -xzvf lammps-2Aug2023.tar.gz
cd lammps-2Aug2023

# 导入 oneAPI 套件
module purge
module load intel-oneapi-compilers/2021.4.0
module load intel-oneapi-mkl/2021.4.0
module load intel-oneapi-mpi/2021.4.0
# 建议再导入该 oneAPI 模块
module load intel-oneapi-tbb/2021.4.0
# Pi 上建议再 load 以下模块
module load gcc/11.2.0
module load cmake/3.26.3-gcc-11.2.0

# 创建 build 路径并配置编译选项
# 只含 一些基础的 packages
mkdir build-basic && cd build-basic
cmake -C ../cmake/presets/basic.cmake ../cmake

# 含 大部分的 packages
mkdir build-most && cd build-most
cmake -C ../cmake/presets/most.cmake ../cmake

make

cmake 配置好 Makefile 文件之后，查看输出到屏幕的 -- Enabled packages 参数进行检验

示例

-- Enabled packages: <None>

-- Enabled packages: KSPACE;MANYBODY;MOLECULE;RIGID

-- Enabled packages: AMOEBA;ASPHERE;BOCS;BODY;BPM;BROWNIAN;CG-DNA;CG-SPICA;CLASS2;COLLOID;COLVARS;CORESHELL;DIELECTRIC;DIFFRACTION;DIPOLE;DPD-BASIC;DPD-MESO;DPD-REACT;DPD-SMOOTH;DRUDE;EFF;EXTRA-COMPUTE;EXTRA-DUMP;EXTRA-FIX;EXTRA-MOLECULE;EXTRA-PAIR;FEP;GRANULAR;INTEL;INTERLAYER;KSPACE;MANIFOLD;MANYBODY;MC;MEAM;MESONT;MGPT;MISC;ML-IAP;ML-POD;ML-RANN;ML-SNAP;MOFFF;MOLECULE;OPENMP;OPT;ORIENT;PERI;PHONON;PLUGIN;POEMS;PTM;QEQ;QTB;REACTION;REAXFF;REPLICA;RIGID;SHOCK;SMTBQ;SPH;SPIN;SRD;TALLY;UEF;YAFF

查看已编译安装的 packages

# 显示已编译的 LAMMPS 版本的所有信息
lmp -h

取消使用 JPEG 选项：-D WITH_JPEG=off（cmake 配置编译选项时会自动检查）

8.6.1. Using CMake with LAMMPS — LAMMPS documentation

• 思源一号用 oneapi.cmake 编译选项，其中的 MPI 是 MPI STUBS，而非 intel 的 MPI（2024.03.16）

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make 编译

cd src

# 查看 make 所有选项
make

make clean-all

make yes-<package>

make yes-all # install all packages
make no-lib  # uninstall packages that require extra libraries

make package-update

# 编译串行版本
make serial
# 编译并行版本
make mpi

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MC2 LAMMPS 版本编译

• LAMMPS 版本：22Aug2018
• gibbs_multireplica.ccp 和 gibbs_multireplica.h 需要用到 LAPACK，使用 make intel_cpu 命令，由于 master、超算无 libjpeg 库，因此需修改/注释 Makefile.intel_cpu（文件路径：MAKE/OPTION） 中的 jpeg 相关选项（共 4 处）

wget https://download.lammps.org/tars/lammps-22Aug2018.tar.gz

# 修改/注释 jpeg 相关选项
LMP_INC =   -DLAMMPS_GZIP
# LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_JPEG

# JPG_INC =
# JPG_PATH =
# JPG_LIB = -ljpeg

# 检查是否已安装 libjpeg
dpkg -l | grep -i 'libjpeg'  # Ubuntu
rpm -qa | grep -i 'libjpeg'  # Centos
yum list installed | grep -i 'libjpeg'  # Centos

# 安装 libjpeg
sudo apt install libjpeg-dev

# 导入 oneAPI 套件
module purge
module load intel-oneapi-compilers/2021.4.0
module load intel-oneapi-mpi/2021.4.0
module load intel-oneapi-mkl/2021.4.0
# 未导入该模块会报错
module load intel-oneapi-tbb/2021.4.0

cd src/

# 第一次编译
make clean-all
make yes-misc
make yes-user-misc
make yes-user-meamc
make yes-mc
make yes-replica
make yes-manybody
make package-update
make intel_cpu

# 复制 gibbs_multireplica.ccp 及头文件到 USER-MISC 目录

# 第二次编译
make package-update
make intel_cpu

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相关报错

• make mpi 编译报错：对 dgelsd_（LAPACK 里的东西 ） 未定义的引用；改用 make intel_cpu

/usr/bin/ld: gibbs_multireplica.o: in function `LAMMPS_NS::GibbsMultiReplica::inverse(double*, double*, double*, double)':
/home/yangsl/src/lammps-22Aug18-MC2/src/Obj_mpi/../gibbs_multireplica.cpp:2871: undefined reference to `dgelsd_'
/usr/bin/ld: /home/yangsl/src/lammps-22Aug18-MC2/src/Obj_mpi/../gibbs_multireplica.cpp:2876: undefined reference to `dgelsd_'
collect2: error: ld returned 1 exit status

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• 没有 libjpeg 库：修改/注释 Makefile.intel_cpu 中的 JPEG 相关选项（共 4 处）

../image.cpp(32): catastrophic error: cannot open source file "jpeglib.h"
  #include "jpeglib.h"
                      ^

compilation aborted for ../image.cpp (code 4)

ld: cannot find -ljpeg: No such file or directory

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macOS 安装 LAMMPS GUI

限制较多（without MPI support），不推荐